Obwohl heutzutage gewöhnlich mit Österreich assoziiert, nahm die Rasse ihren Ursprung im slowenischen Lipica. Der Wiener Hof, der Mode der Zeit folgend, bevorzugte Repräsentationspferde des iberischen Typs - doch der Import von Individuen aus Spanien war umständlich, teuer, und gab hohe Verluste. Deshalb schritt Erzherzog Karl von Habsburg, wie viele europäische Fürstenhäuser der Zeit, im Jahre 1580 zur Gründung eines Gestüts in der Nähe des Dorfes Lipica - ungefähr zur gleichen Zeit, als in der Tschechoslowakei das Gestüt Kladrub entstand, aus dem später der Stammhengst Maestoso kam. Aufgrund seiner Karstlandschaft mit ihrem harten Boden und der kargen Vegetation, war die Gegend um Lipica geeignet, harte und widerstandsfähige Pferde hervorzubringen.

Vier Pferderassen bildeten die Grundlage der Zucht: Das örtliche Karstpferd, der Andalusier, die heute ausgestorbene Barockrasse Neapolitaner (eine italienische Schöpfung auf der Basis einheimischer Stuten und iberischer Hengste), und der Araber. Die Zucht begann auf Grundlage des Karstpferdes und importierter spanischer Pferde. Im 18. Jahrhundert wurden Neapolitaner hinzugenommen. Die entstehende Population wurde durch Einkreuzungen von Pferden altspanisch-italienischer Abstammung aus Frederiksborg, Deutschland und Kladrub weiterentwickelt. Lipica und Kladrub tauschten Zuchtmaterial aus, wobei sich Kladrub auf das schwere Galafahrpferd (Karrossier), und Lipica sich auf das leichtere Fahrpferd und das elegante Reitpferd konzentrierte.

Die Härte der neuen Rasse bewährte sich in den verschiedenen kriegsbedingten Evakuierungen, und jedesmal kehrten die Pferde zurück und die Zuchtarbeit wurde fortgesetzt. Als Karl VI 1735 die Spanische Hofreitschule begründete, wurden die Lipizzaner Zuchtlinien dokumentiert.

Im 19. Jahrhundert sah man die Notwendigkeit einer Blutauffrischung, und wählte den Araber. Unter den eingeführten Hengsten gründete Siglavy eine der bleibenden Hengstlinien. Experimente mit englischen Vollblütern dagegen waren, genau wie bei den Shagyas, nicht von Erfolg gekrönt.

Die Gründerhengste der heutigen klassischen Hengstlinien, stammen aus dem 18. und 19. Jahrhundert: PLUTO (Frederiksborger, *1765), CONVERSANO (Neapolitaner, *1767), NEAPOLITANO (Neapolitaner, *1790), MAESTOSO (Kladruber, *1773), FAVORY (*1779), SIGLAVY (Araber, *1810).

Zusätzlich zu diesen Linien, werden zwei andere Hengstlinien von der LIF (Lipizzan International Federation) anerkannt: die Linie des INCITATO, geboren 1802 im ungarischen Mezöhegyes, von spanisch-italienischer Abstammung, und die des TULIPAN, eine Linie neapolitanischer Abstammung aus dem kroatischen Gestüt Terezovac, entstanden um 1880. Diese Linien findet man noch in Osteuropa sowie in Nord Amerika.

Während des Ersten Weltkrieges wurden Beschäler, Mutterstuten und vierjährige Stuten nach Laxenburg bei Wien verlegt, die Jungpferde nach Kladrub. Lipica wurde Italien zugesprochen, und ein Großteil der Pferde mußte ausgeliefert werden. Die österreichische Lipizzanerzucht wurde 1920 in Piber begründet, da man hier Gebirgsweiden in rauhem Klima zur Verfügung hatte, welche die Härte der Pferde bewahren sollten. Die Selektion wurde intensiver, und nur Hengste, die sich an der Spanischen Hofreitschule bewährt hatten, und Stuten, die strenge Leistungsprüfungen absolviert hatten, wurden zur Zucht zugelassen.

Gegen Ende des Zweiten Weltkrieges fielen die Pferde fast der Sowjetarmee in die Hände, konnten aber durch die Hilfe amerikanischer Offiziere für Österreich gerettet werden, und 1952 nach Piber zurückkehren. Die Zucht entwickelte sich wieder positiv, doch leider brachte ein Ausbruch des Herpes-Virus 1983 dem Gestüt große Verluste bei. Seitdem bemüht man sich, die Zuchtbasis zu erweitern, um die Rasse zu sichern.

In neuerer Zeit wurden sowohl ein Shagya-Araber ("AMOR-GAZLAN VII"), als auch ein PRE-Hengst in Piber verwendet, doch ihre Nachkommen wurden nicht weiter in der Zucht gepflegt.

Heutzutage wird der Lipizzaner in verschiedenen Gestüten und in etwas unterschiedlichen Typen gezüchtet: In Piber ein mehr betont ´barocker` Typ, in Lipica ein etwas größeres Pferd, mehr dem modernen Reitpferdetyp angenähert, in Ungarn, Rumänien, Jugoslawien, Slowakei, Kroatien und Bosnien eher ein größerer, kalibrigerer Fahrpferdetyp, wobei sich speziell die ungarischen Pferde im Fahrsport etabliert haben.

Deutsche Privatzüchter streben ebenfalls den ´barocken` Lipizzaner an, mit folgenden Merkmalen : Ein kompaktes bis langrechteckiges Pferd mit einem Stockmaß zwischen 1, 52 - 1, 62 m, mit einem kräftigen, gebogenen, gut aufgesetzten Hals, wenig hohem aber muskulösem Widerrist, nicht zu kurzem und geschwungenen Rücken, starker Nierenpartie, muskulöser, kurzer, breiter und runder Kruppe, mit gut angesetztem und getragenem Schweif. Die Brust wünscht man geräumig, breit und tief, die Schulter kräftig und schräg, das Fundament stark, trocken und gut bemuskelt mit kleinen, harten Hufen, die Bewegung kadenziert, elastisch und elegant mit Knieaktion. Das Pferd soll ausgeprägte Versammlungsfähigkeit und Talent zur Hohen Schule haben.

Bei intelligentem, lebhaftem und energischem Temperament, soll das Pferd lernwillig und arbeitseifrig sein. Heute dominiert die Schimmelfarbe, doch gibt es auch Rappen und Braune. Bis ins 18. Jahrhundert traten noch alle Fellfarben auf, die erhöhte Anzahl von Schimmeln geht auf den arabischen Einfluß und den Trend zu weißen Galapferden zurück. Bis heute ist es Tradition an der Spanischen Hofreitschule, immer einen dunklen Hengst dabei zu haben. Wie der Shagya, ist der Lipizzaner spätreif und langlebig, sollte nicht vor vier Jahren angeritten werden, kann aber oft bis über das Alter von 20 Jahren arbeiten, wie verschiedene Hengste der Hofreitschule demonstriert haben.

Der Lipizzaner präsentiert sich heute nicht nur als die älteste Kulturpferderasse Europas, sondern auch als hochtalentiertes und sensibles Reit- und Fahrpferd für gehobene Ansprüche, das einfühlsame Ausbildung mit feinfühligem, eifrigen Gehorsam und außergewöhnlichem Ausdruck barocker Prägung belohnt. Ist der Shagya der unbekümmerte, leutselige Alleskönner der Pferdewelt, so ist der Lipizzaner der gravitätische, ernsthafte Professor der Reitkunst.